Für den Kraftwerksbetrieb wird Kühlwasser benötigt. Die beiden Neubaublöcke sind für eine Durchlaufkühlung konzipiert. Das Kühlwasser wird über ein Kühlwassereinlaufbauwerk der Donau entnommen, gereinigt mittels Kühlwasserpumpen durch den Kondensator der Dampfturbine geleitet und ausschließlich über ein Kühlwasserauslaufbauwerk dem Fluss wieder zugeführt. Damit bei diesem Prozess Flora und Fauna keinen Schaden nehmen, wird E.ON Kraftwerke aufwendige Maßnahmen umsetzen. Dazu zählen beispielsweise die Installation einer dem neuesten Stand der Technik entsprechenden Fischscheuchanlage am Kühlwassereinlaufbauwerk, eine deutliche Reduktion der Kühlwasseraufwärmspanne gegenüber der bestehenden Situation, die Zuschaltung der bisher nicht benötigten Kühltürme der Kraftwerke Ingolstadt 4 und Irsching 3 bei gleichzeitigem Betrieb aller vorhandenen Kraftwerksblöcke zur weiteren Minimierung der thermischen Belastung der Donau.
Darüber hinaus wird durch Einhaltung jahreszeitlich angepasster Grenzwerte speziell auf die Belange der Fischfauna Rücksicht genommen. Zur Überprüfung der Wirksamkeit aller dieser Maßnahmen wird E.ON Kraftwerke ein Langzeit-Monitoringprogramm in Abstimmung mit den Behörden durch ein unabhängiges Institut durchführen lassen. Damit ist sichergestellt, dass irreversible Schäden an Flora und Fauna durch den Kraftwerksbetrieb ausgeschlossen werden können.